据指出，这与人类活动带来的自然湿地、栖息地质量下降、人工湿地消失、全球气候异常等有莫大关系。

　　2010年度，沪上野生动植物保护部门组织了对上海地区水鸟栖息情况的16次同步调查，调查区域为崇明东滩鸟类自然保护区管理处核心区、崇明东滩鱼蟹塘、崇明北湖、南汇东滩、奉贤边滩、九段沙自然保护区、宝钢水库、三甲港、长兴横沙边滩和淀山湖等10处。

　　此次调查共记录到水鸟112种145001只次，其中在崇明岛境内共记录到水鸟85种73286只次。记录数量最多的10种水鸟分别为：黑腹滨鹬、斑嘴鸭、白鹭、环颈鸻、骨顶鸡、绿翅鸭、绿头鸭、灰林银鸥、罗纹鸭和大滨鹬，占到了记录总数的66.53%。而从鸟类的种类分布来看，南汇东滩野生动物禁猎区最高，为88种，其次分别是奉贤边滩的83种 、崇明东滩保护区的72种；而从鸟类的数量分布上来看，崇明东滩保护区为最多，达到55179只次，其次分别是南汇东滩的30755只次、奉贤边滩的19736只次。

　　然而，让鸟类专家担忧的是，最近数年除奉贤边滩的水鸟数量呈缓慢上升、崇明东滩保护区的数量呈上升趋势以外，其余各区域的水鸟数量均出现了下降，其中崇明东滩鱼蟹塘和九段沙保护区更是下降明显。2006年至2010年间，上海冬候鸟和旅鸟的数量也在逐年下降；其中雁鸭类和鸻鹬类的下降最为明显。

　　对此，野生动植物保护专家认为，上海的水鸟栖息地正面临着逐年萎缩是导致水鸟数量逐年下降的主要原因，特别是位于沿海的人工栖息地大面积丧失，造成了迁徙和越冬水鸟没有适宜的栖息地栖息，其中崇明东滩鱼蟹塘和南汇东滩禁猎区的栖息地丧失是最为明显的。

　　此外，水鸟们现有的自然滩涂的栖息地质量也正在下降，除崇明东滩保护区外，其余各区域的沿海滩涂在近五年内均遭遇了大面积的围垦。另外，外来物种互花米草的扩散也是影响栖息地质量的重要原因。根据调查，目前崇明东滩地区的互花米草面积已达1899公顷，占到了东滩地区滩涂植被总面积的49.54%。部分区域已形成成熟稳定的互花米草群落，是目前东滩保护区最大的植物群落。而这种潮滩湿地生境中有着超强的繁殖力的植物，已经被许多国家作为入侵植物实施大范围的控制计划。

　　此外，全球气候异常、整个迁徙路线水鸟数量的下降等因素，也造成了上海水鸟数量的总体下降。同时，在沿海区域内还存在着一定的偷猎现象，据2010年度的执法情况统计，全市全年共处理各类偷猎案件332起，拆除各类网具(窝棚)694张(处)。